《骑鹅旅行记》叙述了主人公尼尔斯变成“小人”后，骑着他的家禽雄鹅游遍整个瑞士的故事。
主人公尼尔斯，住在瑞士的一个小村庄里，是一个调皮捣蛋的男孩。他总趁父母出去时，欺凌弱小，惹人讨厌。他捉弄小精灵，小精灵把他变成了拇指大的小人儿。他想去牛棚里找小精灵，因为妈妈说过小精灵住在牛棚里面。
家禽看到尼尔斯变小，纷纷嘲笑他。因为他经常欺负小动物，猫也来报复他，看在主人的面子上只是吓唬一下他。到了牛棚，他见到三头牛。三头牛也很生气，不愿告诉他小精灵在哪里。因为尼尔斯经常坐在牛背上，踩在牛的角上，让牛很难受。
尼尔斯很生气，走出了牛棚。他坐在自己家的围墙上，听到大雁想叫雄鹅一起飞向远方。雄鹅要是飞走了，妈妈一定会很伤心。他立马跑到鹅背上，想作文阻值雄鹅飞走，还没坐稳，雄鹅就腾空而起飞向了天空。
尼尔斯、雄鹅、大雁一起飞上了远山，他们在路途中又遇见了一只家鹅，从此他们成了伙伴。他们在库拉山遇到了狡猾的狐狸。狐狸把一只大雁杀死了，叼着它下了山。
尼尔斯用人类的智慧战胜了狐狸，打败了可恶的狐狸。他们还拯救了鹅群，也拯救了他们自己。同伴们都赞赏尼尔斯的优秀品德，看到了尼尔斯改过自新的一面。
尼尔斯骑在雄鹅背上，看见了自己的家乡，自己的祖国是多么的壮观。他们到了许多地方，了解了许多的文化历史。这次旅行中，尼尔斯知道了自己犯下的错，不仅变得善良，还变成富有正义感的小男孩。
在一个秋天，他们又回到了启程的地方。尼尔斯回到了家，小精灵解除了尼尔斯的魔法，他成熟了，不再伤害小动物了。