尼尔斯是一个14岁的小男孩，他非常不爱学习，贪玩儿，不听父母的话，还经常欺负小动物。他的父母是一个为人善良的人，勤劳能干的人。
有一次，他的父母去了教堂，尼尔斯一个人刚刚起来，照着镜子，发现自己变成了小狐仙，变成了一个拇指大的小人儿，他出门去，这时，一群群的大雁飞了过来，他们家的一只雄鹅准备起飞，尼尔斯忘了自己有多么弱小，扑了上去，但是大鹅已经飞了起来。
他在鹅背上，见过了祖国的山河，有了见闻，听到了传说，在鹅飞行的过程中，他运尽机智，从以前的懵懂无知的孩子，搞恶作剧的孩子变成了一个热爱学习，不搞恶作剧，尊重他人的人。他和狡猾的狐狸作斗争，一次，差一点葬命于此，他和动物们一起主持正义，打倒邪恶，成为舍己为人的人。
由于尼尔斯改过自我，回到家乡后，回归了原样，成为了一个勇敢，有责任感的好孩子。