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清于崇德元年(1636)设蒙古衙门；三年六月，改称理藩院，属礼部。
顺治元年(1644)，改置尚书、侍郎；十八年，定官制同六部，理藩院尚书亦入议政之列。
咸丰十年十二月（1861年1月）成立总理各国事务衙门以前，兼办对俄外交事务。
光绪三十三年（1907年）九月，改为理藩部，清亡遂废。
理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。
清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。
康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。
以后又四次校修。
理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。
理藩院所辖，先后尚有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒学、俄罗斯学，木兰围场、喇嘛印务处，则例馆等机构。
此外还派司员，笔帖式等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。
1900年，理藩院拆除，改建北京饭店。
1、过程：
①明朝开始改土归流。
明成祖朱棣是实施改土归流的第一个皇帝。
永乐年间，西南地区的两个宣慰司叛乱，明朝派兵平定后，改设贵州布政使司，朝廷派遣可以随时撤换的流官担任官员，从此贵州成为省一级行政单位。
但明朝改土归流的地区有限，西南绝大部分地区仍然实行土司制度。
②清朝大规模改土归流。
康熙帝平定三藩之乱，不仅避免了国家的分裂，也为大规模推行改土归流创造了条件。
1726年，雍正帝采纳了大臣鄂尔泰的建议，“取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理”，在滇、黔、桂、川、湘、鄂六省大量委派流官代替土司。
对自动交印的土司，政府加以赏赐，或给予官职。
对抗拒者加以惩处，没收财产，或将其迁徙到内地省份安置。
清政府在改土归流地区，清查户口，设立保甲、屯兵，推行统一税制，建立学校，兴科举，修道路，使清朝统治深入到边远偏僻地区。
尽管少数地区还残存着土司制度，但影响大大削弱，直到新中国成立后，少数民族地区的。土司制度彻底废除。
2、历史必然性：
少数民族地区的土司掌握着地方上的行政权，可以世袭，有的还拥有自己的武装，很容易形成一股股割据势力。
这些割据势力严重阻碍中央政令的畅通，也不利于中央对地方的统治和民族国家的统一，必然被统一的趋势所不容。
3、特点：
由朝廷选派的流动官员代替原来地方世袭官吏管理地方。
4、影响：
改土归流是我国政治制度发展史上的一项重大改革，它加强了明清中央政府对西南少数民族的统治，改变了当地落后闭塞和割据纷争状态，促进了各民族之间经济文化交流，有利于统一的多民族国家的巩固和发展。
是指改土司制为流官制。
土司即原民族的首领，流官由中央政府委派。
改土归流有利于消除土司制度的落后性，同时加强中央对西南地区的统治。
“土”指土司。
明朝在西南少数民族地区沿袭元朝统治办法，在那里设立宣慰司、土知府等各级政府机关，任用当地少数民族首领担任土司长官。
土司可以世袭，对辖区内的行政有自主权，其实质是“以土官治土民”。
但他们必须忠于朝廷，按时向朝廷交纳贡赋、调兵从征，职位的继承必须得到朝廷的批准。
“流”指流官，是由朝廷任命的不世袭、有品级、有一定任期的官员。
历史上把取消土司衙门改由流官直接统治的变革，称为“改土归流”。
是中国清代管理蒙古、回、藏等少数民族事务的中央机构。
也负责处理对俄罗斯的外交事务。