这篇文章的主要内容就是记录了作者在日本读书时候的学习和生活，讲述了在学校受到日本学生的歧视，并且决定放弃医学的过程，同时也表达了作者对于藤野先生深深的思念和感谢之情。文章中的藤野先生是一个非常严谨、正直的人，他没有对民族的偏见，没有歧视别人，是一个非常伟大的人。
《藤野先生》记录作者在日本留学时期的学习生活，叙述在仙台医专受日本学生歧视、侮辱和决定弃医从文的经过。作者突出地记述日本老师藤野先生的严谨、正直、热诚、没有民族偏见的高尚品格，说“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的，虽然他的姓名并不为许多人所知道”。表达了对藤野先生深情的怀念。
《藤野先生》回忆作者在仙台留学时期的生活，记叙了作者与藤野先生的相识、相处，离别的过程和对他的怀念。鲁迅初到东京时，看到的是清国留学生在饱含中国人的耻辱的上野公园的樱花树下的身影，听到的是留学生们傍晚学跳舞的喧闹。这让鲁迅甚为厌恶，也正是这样，他去了仙台，在那与藤野先生相识。藤野先生的衣着模糊，他为鲁迅添改讲义，他就正解剖图，他关心解剖实习，他了解中国女人裹脚。在这一个个片断中，我看到了那个对学生要求严格的藤野先生，那个对鲁迅关爱有加，毫无民族偏见的藤野先生，那个对科学严谨求实的藤野先生。这样一位有着高贵人格的老师，也难怪鲁迅说：“在我所认为我师的之中，它是最使我感激，给我鼓励的一个。”
作者从东京到仙台学医的几个生活片断。其中有东京“清国留学生”的。生活情况，由东京到仙台的旅途回忆，有在仙台的食住情况，也有受到日本具有狭隘民族观念的学生的排斥，还有一次看电影受到的刺激，而重点却是记叙藤野先生的可贵品质。藤野先生本名藤野严九郎，是作者的老师。()本文内容丰实，笔意纵横，形散神凝，错落有致，发人深省，一条鲜明的爱国主义思想线索贯穿了全文，使每个看来似乎是平淡无奇的生活片断闪耀着夺目的光华，从而给读者以深刻的启迪。